כמעט עשור לאחר הפרשה שטלטלה את המדינה: נשיא המדינה יצחק הרצוג החליט להיעתר לבקשתו של אלאור אזריה ולקצר את תקופת המחיקה ברישום הפלילי שלו.
הרצוג חתם הערב, ערב יום הכיפורים, על ההחלטה.
בבית הנשיא הסבירו כי היא התקבלה לאחר בחינת מכלול נסיבות המקרה, וברוח ימי הרחמים והסליחות.
במרכז השיקולים עמד הזמן הרב שחלף מאז הפרשה, העובדה שאזריה נשא בעונש שנגזר עליו ותקופת ההתיישנות על העבירות שביצע, שכבר חלפה.
הנשיא התחשב גם בשינויים שחלו במהלך השנים בחייו האישיים והמשפחתיים של אזריה ובבקשתו להסיר את החסמים הניצבים בפניו בתחום התעסוקה.
בפנייתו להרצוג התייחס אזריה גם לערכי צה"ל. הוא הדגיש כי הוא מכבד אותם וכי הם יקרים לו, וכי כיום, כאב לשני ילדים קטנים, הוא מבקש לחנך גם אותם לאורם. לצד זאת הביע צער על השלכותיה הקשות של הפרשה.
שיקול נוסף בהחלטתו של הרצוג היה הנסיבות הרפואיות המורכבות שעימן התמודדה משפחת אזריה במהלך השנים. הנשיא סבר כי בחלוף כעשור, לאחר שאזריה נשא בעונשו ושילם את חובו לחברה, ולאחר שעונשו כבר קוצר בידי הרמטכ"ל דאז גדי איזנקוט, ניתן לאפשר לו להמשיך בחייו.
עם זאת, הרצוג ביקש להבהיר כי החלטתו אינה משנה את ההתייחסות להליך המשפטי שהתנהל בפרשה. לדבריו, אין במהלך משום ערעור על פסק הדין או בחינה מחודשת שלו.
הנשיא הרצוג הדגיש את חשיבותה של מערכת המשפט הצבאית בשמירה על שלטון החוק ועל ערכי צה"ל, ובפרט על עקרון טוהר הנשק. הוא הבהיר כי מוסד החנינה הוא "מוסד של חסד" ואינו משמש ערכאת ערעור. גם אזריה עצמו הבהיר בפנייתו כי אין בכוונתו לפתוח מחדש את הפרשה.
בסופו של דבר קיבל הרצוג את המלצת שר הביטחון ישראל כץ והורה על קיצור מיידי של תקופת הרישום הפלילי של אזריה.
שר הביטחון ישראל כ"ץ הגיב: "אני מברך את נשיא המדינה יצחק הרצוג על החלטתו לקבל את המלצתי לחון את אלאור עזריה ולמחוק את רישומו הפלילי. ערב יום הכיפורים, זו החלטה נכונה, אנושית וראויה, המבטאת את רוח הסליחה ואת האפשרות לפתוח דף חדש.
"אלאור שירת כלוחם וכחובש קרבי מצטיין בחטיבת כפיר ונקלע לאירוע במהלך פעילות מבצעית מורכבת. לאחר עשור, לאחר שריצה את עונשו ושילם מחיר אישי ומשפחתי כבד, הגיע הזמן לאפשר לו להשאיר את העבר מאחוריו, לשקם את חייו ולבנות את עתידו.
"מתן החנינה מעביר מסר חשוב ללוחמי צה"ל ולבני משפחותיהם: אנחנו לא מפקירים לוחמים ולא משאירים אותם מאחור.
"אלאור, אני מחזק אותך ואת משפחתך ומאחל לכם גמר חתימה טובה ושנה של התחלות חדשות".
